福建全境基本解放，各级人民政权相继建立起来。但是， 被推翻的国民党反动派及其残存的反动分子并不甘心于自己的失败。国民党反动统治在大陆上土崩瓦解时，有计划有组织地留下大量的土匪和武装特务。他们秘密潜 伏在全省各地，网罗散兵游勇、地霸武装，建立土匪武装组织；与此同时，盘踞在台、澎、金、马的国民党势力，乘大陆解放之初社会秩序尚未安定之际，不断派遣 武装匪徒骚扰沿海村镇，或偷渡登陆潜往偏僻山区，开展所谓“敌后游击战争”，妄图伺机配合台湾国民党“反攻”大陆。
这些土匪武装受国民党委派或自封“司令”、“专员”、“县长”，到1949年冬，全省土匪发展到大小240余股，总计4万多人，拥有长、短枪 27000余支，机枪300余挺，盘踞着东山、永安、清流、明溪、泰宁、将乐、光泽、三元、建宁等县城和若干乡镇。至1950年上半年，全省土匪武装甚至 发展到7万余人。
除了福建沿海与内陆地区外，国民党残余势力还在海上组建土匪武装，并把全省土匪统一组织起来，称为“福建游击军区”，任命驻金门的国民党军队将领胡琏兼任司令，黄炳炎为副司令；将驻在马祖列岛的“海上保安纵队”改为“海上突击军”，实施所谓“游击作战方针”。
福建土匪活动狡猾，气焰嚣张。他们杀害基层革命干部和积极分子，袭击新生的人民政权，危害十分严重。据1950年1月至10月不完全统计，土匪在全省 共制造15次暴动事件、81次袭击、98次叛变和40次凶杀事件，杀害新政权军政人员和民兵、农民代表以及群众积极分子共1000多人，烧毁房屋4989 间，受害群众2795户。
严重匪患破坏和威胁着新生的人民政权，威胁着社会改革与国民经济的恢复。中共福建省委指示，土匪猖獗是当前工作的最大障碍，不消灭土匪，各项工作将无 法展开。为此，中共福建省委决定，在厦门战役以后全面展开剿匪工作。1949年11月19日，中共福建省委发出《关于剿匪问题的指示》，确定“军事政治双 管齐下”的方针，采取争取多数，打击少数，利用矛盾，各个击破，以政治分化为主，结合军事打击的策略；同时决定剿匪的政策为“首恶必办，胁从不问，立功受 奖”。
1950年初，在福建内陆全部解放以后，剿匪工作全面展开。根据中共福建省委决定，各县普遍成立由县委、县政府与当地驻军和公安局领导组成的剿匪指挥部或剿匪委员会。全省剿匪历时两年，先后经过重点进剿、分区进剿和消除残匪与潜伏特务三个阶段。
在重点进剿时期，主要是集中相对优势的兵力，选择匪情严重的地区，经过周密侦察之后对大股土匪采取奔袭、合围、追剿战术，给以毁灭性打击。在此期间， 人民解放军抽调四五个主力师，对闽北、闽西、闽南等匪患严重的地区进行重点清剿，连续取得重大胜利。1950年3月，解放军某部一个连在地方武装配合下， 经过两昼夜的追击与合围，在崇安县下梅三九地区将匪首“中华民族自救军闽北总指挥”刘午波部歼灭，刘午波被击毙。同年10月，解放军九十五师三八三团对逃 窜到建瓯城东南黎山一带的股匪“暂编第四师”郑长吉部进行追击合围，经过130里长途奔袭和8天6夜的搜剿，活捉匪首“少将师长”郑长吉及“上校副师长” 郑长兴，歼灭残匪100余名。消灭这支横行于闽北的土匪部队，给闽北股匪以毁灭性打击。剿匪部队的指战员们冒酷暑，顶严寒，钻草丛山沟，爬悬崖陡壁，吃的 是竹笋、山芋叶，睡的是草寮、窝棚，历尽艰辛，奋勇杀敌。闽北、闽西、闽南剿匪前线捷报频传，大股土匪相继就歼，各股匪首或被生擒，或在战斗中被击毙。其 中，国民党派遣的匪首“少将师长”唐宗所部在闽西连城被歼。这支福建最大的股匪被歼，对全省人民鼓舞极大。
经过重点进剿，全省大股土匪相继被歼灭或击溃，所存小股土匪受到震慑，不敢公开对抗，转入分散活动以图保存实力。有的利用茂密山林与陡崖山洞等自然条 件继续顽抗，有的则重振旗鼓组织暴乱。针对这一情况，人民解放军剿匪部队改变战术，将重点进剿改为分区驻剿。同时，剿匪部队充分发动并依靠群众，展开强大 的政治攻势，争取零星股匪投诚。
从1950年1月开始的剿匪运动，经过重点进剿与分区驻剿，至1951年4月，全省共计剿灭土匪7万余人，各地成股土匪已基本肃清。但全省尚有 1000多名土匪没有被消灭，而这些残匪又是土匪中最为刁顽凶恶的部分，多属惯匪、特务、恶霸、反动会道门头子，对社会和人民的危害极大。于是，各地普遍 开展群众性清匪运动，进行声势浩大的封锁、搜山清匪的斗争。到1952年底，全省大规模的剿匪斗争结束，巩固了新生的人民政权，安定了社会秩序，保证国民 经济恢复工作和各项社会改革以及生产建设的顺利进行。
在剿匪斗争的同时，福建全省还展开了反霸斗争，对解放前那些为非作歹、欺压民众、罪大恶极的地方恶霸进行清算斗争。1949年12月，中共福建省委扩 大会议把反霸斗争列为1950年的主要任务之一。1950年1月，第一次全省公安工作会议贯彻省委扩大会议精神，指出全省已经胜利地完成对国民党警察机关 的接管工作，当前的中心任务是发动群众剿匪反霸，坚决肃清一切公开与暗藏的反革命分子，维护革命秩序，巩固人民政权。自此以后，反霸斗争与剿匪结合在一 起，很快在全省展开。
古田县是较早发动反霸斗争的地区，1949年12月就在全县各区斗争12名罪大恶极的恶霸分子。特别是该县第一区曾任国民党联保主任和乡长的恶霸叶宝 云，在乡中作威作福，无恶不作，杀害人命12条，勒索民财和侵吞公谷达1100余担，号称“南路霸王”，民众恨之入骨。大会斗争时，群众600余人情绪激 愤，20多人上台泣血控诉他的累累罪行。与此同时，永泰、建瓯、南安、福安、罗源、惠安、霞浦等县都开展大规模群众性的反霸斗争。1950年5月26日， 同安县人民临时法庭公审恶霸叶金泰，公布其横行闽南28年、46条残害人民的罪行，判处其死刑。听审群众5000多人，拍手称快。此前不久，林森县(后改 为闽侯县)远洋村3000多名群众集会，斗争杀害群众11人的恶霸孙亨梧；厦门市禾山区公审并枪决了勾结日寇和反动派霸田千亩、杀害人命4条的大恶霸陈宝 琦。恶霸分子在经过群众揭发斗争、清算罪行后，有的交群众管制，有的移交司法机关依法追究刑事责任，许多罪恶昭著的恶霸分子受到法律的严厉制裁。
中共福建省委和省人民政府又于1951年夏季在福州、厦门以及其他城镇工矿企业开展民主改革运动，目的在于发动群众，扫除城市和工矿企业中的封建势力，改革旧社会遗留下来的不合理制度，在城市和工矿确立并巩固人民民主制度。
城市工矿民主改革的重点是打击那些在旧社会压迫与剥削工人、欺行霸市的封建把头、恶霸分子和黑社会团伙头目，清除社会恶势力，在城市、工矿中树立工人 阶级的权威，建立以工人为主体的群众团体和管理机构，制订维护工人利益和社会道德规范的规章制度，保障人民民主权利。经过一年多时间，各城镇厂矿清查并惩 处一批封建把头和恶霸分子，摧毁各种黑社会组织及封建反动势力。与此同时，各地对旧社会遗留下来的无业游民和娼妓进行收容和教育改造，使之转变成为自食其 力的劳动者。通过这场民主改革，全省社会秩序焕然一新，人民政权日益巩固。